Je vojenským odchovancem. V době jeho narození byl jeho otec důstojníkem spojovací služby sovětské armády. Starší Navalnyj je etnický Ukrajinec (z černobylské oblasti) a Alexejův bratranec je na Ukrajině bezvýznamným voleným funkcionářem. Starší Navalnyj však sloužil v Moskevské oblasti a Alexej na Ukrajině nikdy trvale nežil, kromě letních pobytů u svých ukrajinských prarodičů na vesnici. Alexejova matka je etnicky Ruska, pracovala jako laborantka ve výzkumném ústavu.
Po rozpadu Sovětského svazu si rodina Navalných pronajala dílnu na pletení košíků od místní továrny na výrobu nábytku a nakonec z ní udělali malý soukromý podnik. Vyrábějí košíky, židle, nosiče pro kočky a další předměty. Když byl Alexej v pubertě, povzbuzovali ho, aby pletl košíky pro firmu, místo aby žádal rodiče o kapesné.
Alexej vystudoval právo na ruské Univerzitě přátelství národů Patrice Lumumby a finance na Finanční univerzitě při vládě Ruské federace. Obě se nacházejí v Moskvě a patří k nejlépe hodnoceným univerzitám v zemi. V době, kdy se stal významným mladým politikem, absolvoval také kurz Yale World Fellows. Alexej založil několik společností a pracoval jako právník pro různé organizace, z nichž některé byly poměrně významné, než se rozhodl pro politickou kariéru. Chvíli dokonce působil jako rozhlasový moderátor.
Na snímku – Alexej Navalnyj v dětství s rodiči a mladším bratrem Olegem, rovněž odsouzeným kriminálníkem.
